قد لا يترتب على وجود فتحات القلب مهما كان نوعها أيّة مضاعفات إذا ما كانت صغيرة الحجم. أمّا الفتحات الكبيرة فقد تؤدّي إلى العديد من المضاعفات، ومنها ما يشكّل خطراً على حياة المريض. فعيب الحاجز الأذني قد يسبّب قصور الجهة اليمنى من القلب، وكذلك عدم انتظام ضربات القلب، بالإضافة إلى ازدياد الفرصة بالإصابة بالسكتة الدماغيّة. وقد يصاب المريض كذلك من ارتفاع ضغط الدم الرئوي، أو بمتلازمة أيزنمنغر، التي تسبب تدمير أنسجة الرئة بشكل دائم. أمّا عيب الحاجز البطيني فمن الشائع أن يسبّب ارتفاع ضغط الدم الرئوي أو التهاب الشغاف، بطانة القلب، بالإضافة إلى عدم انتظام ضربات القلب واختلالات صمامات القلب.